AMARAN: Artikel berikut mengandungi spoiler untuk Hari Berlalu .
Setelah kira-kira 40 jam permainan untuk menyelesaikan cerita utama, banyak pemain akan mengetepikan pengawal mereka dan pergi Hari Berlalu untuk kebaikan . Yang lain akan memulakan fail simpanan baru. Walau bagaimanapun, mereka yang terus bermain setelah mendapat pulangan kredit akan diberi ganjaran yang berakhir dengan rahsia, yang mempunyai kesan besar.
Setelah misi terakhir selesai dan Pulau Wizard musnah, peta dunia terbuka permainan masih tersedia untuk berkeliaran. Dari sana, pemain dapat menyelesaikan objektif sampingan yang tersisa, seperti laman penyelidikan Freaker Hordes atau NERO. Selepas beberapa ketika, pemain akan menerima mesej radio dari penyelidik NERO James O'Brian, yang akan meminta pemain untuk menemuinya.
Apabila protagonis Deacon St. John bertemu O'Brian di tanah perkuburan lama, perkara-perkara menjadi tidak senang. Dalam prolog, pemain bertemu O'Brian, yang memakai jas hazmat seluruh badan dan topi keledar dengan skrin lutsinar. Di sini, wajahnya kelihatan. Namun, sepanjang sisa permainan, topeng O'Brian berwarna, yang bermaksud Deek tidak dapat melihat wajahnya.
Alasan untuk ini hanya dinyatakan dalam cutscene akhir rahsia: O'Brian dijangkiti. Dia akhirnya menanggalkan topengnya untuk menampakkan wajah vaskular yang buruk, menyebabkan Deacon mundur. O'Brian menjelaskan bahawa virus yang mencipta Freakers berkembang pesat, dan kini berada di tahap di mana ia dapat menyerang sistem limfa (yang membantu melindungi tubuh dari penyakit dan jangkitan) orang yang tidak dijangkiti. Dia juga mendedahkan bahawa pegawai atasan di NERO telah mengetahui perkara ini untuk sementara waktu, dan memberi amaran kepada Deacon bahawa mereka akan datang. O'Brian pergi, melompat ke helikopter udara dengan kekuatan dan ketangkasan yang tidak berperikemanusiaan.
Cutscene ini menunjukkan bahawa strain virus baru ini mencipta bentuk baru Freaker, yang mengekalkan fungsi kognitif manusia tetapi memiliki kekuatan, kepantasan dan pencerobohan makhluk yang diperjuangkan oleh Deacon sepanjang Hari Berlalu . Sebenarnya, pada beberapa titik dalam adegan ini, tubuh O'Brian membuat tersentak seolah-olah tidak sengaja, dan dia bahkan mengambil beberapa langkah ke arah Deek sebelum meminta maaf. Walaupun tidak pernah dinyatakan secara eksplisit, nampaknya O'Brian menolak dorongan biologi untuk menyerang yang disebabkan oleh virus.
Jelas, pemandangan ini bertujuan untuk membiarkan pintu terbuka untuk Hari Berlalu sekuel, sesuatu yang sekarang nampaknya tidak akan pernah berlaku. Daripada pengakhiran optimis Deek yang pergi ke matahari terbenam bersama Sarah, sentuhan ini menamatkan permainan dengan nada yang lebih gelap dan lebih mengancam. Bentuk baru Freaker yang diperkenalkan melalui O'Brian akan membuat musuh yang hebat dalam permainan kedua, yang tentunya akan mengikuti usaha Deacon untuk mengungkap kebenaran mengenai kaitan NERO dengan virus.
Perlu diingat bahawa, walaupun NERO menonjol di Hari Berlalu , Deacon tidak pernah benar-benar melawan mereka. Dalam misi yang mereka sertai, Deek hanya dapat menyelinap di sekitar tentera dan penyelidik, kerana permainan itu menjelaskan pakaian mereka terlalu kuat untuk dia potong atau menembak. Sekuel kemungkinan akan menjadikan NERO sebagai antagonis utama, dengan Deacon dan syarikat harus menghadapi mereka secara langsung. Namun, seiring dengan keadaannya, ini adalah kisah yang tidak akan pernah diceritakan.
