Order 66 adalah perintah paling terkenal yang diberikan Star Wars sejarah, menandakan berakhirnya Republik Galaksi dan memulakan kejatuhan Orde Jedi yang hampir runtuh. Sementara pasukan Clone terpaksa mematuhi Perintah 66 kerana biokip yang ditanamkan di dalamnya dalam kanun, Karen Traviss ' Lagenda seri Komando Republik melukis potret pelaksanaannya yang jauh lebih gelap.
The Komando Republik siri menggambarkan Order 66 sebagai perintah yang diajarkan oleh semua pasukan Clone, dan bukannya perintah yang dipaksa mereka patuhi. Pada pandangan pertama, Order kelihatan sangat masuk akal, kerana pada asalnya dibuat oleh Sifo-Dyas sebagai cara untuk menjatuhkan Jedi yang jahat yang menentang Republik. Perintah ini juga berada di atas Perintah 65, yang bertujuan untuk menjatuhkan Canselor Agung jika timbul masalah serupa.
Dalam Komando Republik: Warna Sejati, Perintah 66 digambarkan seperti itu: 'Sekiranya pegawai Jedi bertindak bertentangan dengan kepentingan Republik, dan setelah menerima perintah khusus yang disahkan datang langsung dari Komandan Tertinggi (Canselor), komandan GAR akan menghapus petugas tersebut dengan kekuatan mematikan, dan perintah GAR akan kembali kepada Panglima Tertinggi (Canselor) sehingga struktur komando baru dibentuk. '
Traviss menggambarkan realiti kejam Perang Clone, yang menimbulkan banyak ketegangan antara Pasukan klon dan komandan Jedi mereka. Pada dasarnya dibiakkan sebagai budak tentera untuk Republik, kehidupan anggota pasukan Clone pada dasarnya setara dengan kehidupan droid. Proses penuaan mereka yang cepat memastikan bahawa pasukan Clone tidak akan pernah mencapai kehidupan yang memuaskan di luar pertempuran, walaupun Clone secara biologis identik dengan manusia dan mampu melakukan pembiakan secara biologi. Klon juga mampu merangkumi pelbagai emosi manusia, yang menimbulkan kekacauan dalaman mengenai keberadaan mereka yang singkat.
Banyak pasukan Clone juga menjadi letih ketika perang berlarutan, kerana mereka terpaksa menyaksikan saudara-saudara mereka terjerumus dalam pertempuran. Komando Republik: Perintah 66 perincian kekecewaan dalaman Delta Squad Commando Scorch terhadap kehilangan nyawa ini, ketika dia mendengar nama-nama ribuan pasukan Clone yang jatuh. 'Scorch sekarang tidak dapat menamakan separuh regu dalam kumpulannya di pusat latihan Tipoca, apalagi orang-orang di dalamnya. Dia merasa malu, seolah-olah dia mengkhianati mereka, 'membaca petikan itu. Ketika perang berlanjutan, banyak pasukan Clone mulai membenci Jedi atas korban ini, bahkan mempertikaikan kemampuan mereka.
Sikap Jedi terhadap pasukan Clone tidak lebih baik, kerana mereka hanya melihat mereka sebagai pakai. Mereka sangat acuh tak acuh terhadap komando Clone, yang mereka anggap sebagai pemburu negara yang diberi kuasa untuk Republik. Walaupun mereka tidak peduli dengan pasukan ini, Jedi memahami keperluan mereka dalam perang. 'Itulah masalahnya dengan memiliki klon pintar yang dilatih oleh ragbag samseng yang tidak berdisiplin - mereka telah menjadi idiosinkratik terbaik, paling tidak taat. Tetapi mereka mungkin akan memenangkan perang untuk kita. Tolerakan mereka, 'Jedi Master dan Pengarah Jeneral Pasukan Khas, Arligan Zey menjelaskan dalam Komando Republik: Triple Zero .
Sebagai hasil daripada rasa tidak puas hati yang dikongsi bersama ini, tidak sukar bagi banyak pasukan Clone untuk mengacukan senjata ke arah bekas komandan mereka, tetapi masih ada beberapa pasukan luar yang terkenal. Pasukan Ion, yang dipimpin oleh Kapten Pendaki, tidak hanya tidak mematuhi perintah itu, mereka melancarkan senjata ke arah pasukan Komandan Salvo yang berusaha menyerang kumpulan Jedi. Skuadron Clone lain, seperti Omega Squad, Delta Squad dan Ordo Skirata, juga tidak mematuhi perintah itu, tetapi berpura-pura mematuhi untuk mengelakkan kecurigaan dari Empire. Walaupun Clones dalam skuadron terakhir memiliki hubungan yang lemah dengan Jedi, mereka lebih skeptikal terhadap Palpatine yang melancarkan klon Centax baru yang berusia normal.
Sementara kanon melucutkan Klon atas kesalahan mereka dalam pelaksanaan Perintah 66, Lagenda menghadapi pengkhianatan mereka. Gambaran bernas dari Order 66 ini lebih gelap daripada kanon, tetapi Komando Republik memberikan kedalaman pelaksanaannya dengan memanusiakan pelaku Klon dan penderitaan mereka.
