Perintah 66, seperti yang digambarkan pada tahun 2005 Star Wars: Revenge of the Sith , adalah pengkhianatan yang mengejutkan, kerana Clone Troopers di seberang galaksi menghidupkan Jedi yang, hanya beberapa saat sebelumnya, adalah rakan dan pemimpin mereka dalam perang melawan pasukan Separat. Satu-satunya tindakan yang lebih khianat adalah serangan di Kuil Jedi di Coruscant, diketuai oleh Anakin Skywalker , yang mengakibatkan pembunuhan padawans dan anak muda yang tidak terhitung jumlahnya. Walau bagaimanapun, klon memainkan peranan lain dalam pengepungan itu, yang terperinci dalam urutan yang dipotong dari filem itu.
Dikeluarkan dalam bentuk yang belum selesai pada tahun 2010 , dan dijelaskan dalam novelisasi filem (tidak lagi dianggap kanon), adegan menunjukkan pengkhianatan terburuk, dan paling menyakitkan, dari Clone Troopers kerana detasmen mengenakan jubah Order untuk meletakkan perangkap bagi mana-mana Jedi yang menjawab palsu panggilan untuk pulang ke rumah. Muslihat ini terasa lebih mengerikan daripada pelaksanaan di medan perang.
Dalam adegan yang tidak lengkap, Obi-Wan Kenobi dan Yoda kembali ke Kuil Jedi, di mana mereka disambut oleh penyamar. Obi-Wan berkata, 'Kamu klon membuat Jedi mengerikan,' sebelum klon menembakkan peletanya ke dua Jedi Masters. Sudah tentu, Yoda dan Obi-Wan lebih cepat dan mereka mudah menyerang klon.
Novelisasi ini memberikan perincian tambahan, menunjukkan Jedi palsu adalah lapan anggota Decoy Squad Lima , detasmen Legion 501 di bawah kepimpinan Anakin Skywalker. Namun, dalam urutan prosa, Obi-Wan dan Yoda menyebarkan penipuan mereka sendiri: Obi-Wan berpura-pura menjadi pengemis kehilangan tempat tinggal dengan seorang anak muda Jedi - iaitu, Jedi - mencari perlindungan di kuil. Apabila klon mencari bukti bahawa anak itu adalah Jedi, Yoda bertindak, sambil berkata, Lampu saya, petunjuk pertama akan menjadi, hmm?
Walau bagaimanapun, Obi-Wan berusaha mencegah keganasan, tetapi klon-klon itu tetap berlaku. 'Enam saat kemudian,' novel itu menyatakan, 'kesemuanya lapan mati.'
Penggunaan jubah Jedi dalam permainan menjadi lebih menyeramkan dan memilukan apabila difikirkan lebih jauh: Klon-klon itu mungkin menanggalkan jubah dari tubuh Jedi yang mereka bunuh beberapa saat sebelum pertengkaran ini. Tetapi walaupun jubah itu sebenarnya tidak dikeluarkan dari kematian, mereka masih milik Jedi yang telah dikhianati oleh klon. Jubah itu adalah simbol pesanan mereka dan seharusnya melambangkan kedamaian, bukan tipu daya.
Perintah 66 hampir menghapuskan Jedi sepenuhnya, dan segelintir yang terselamat dari Perintah itu bukan sahaja harus hidup dengan kegagalan itu, tetapi juga dengan pengetahuan bahawa mereka dihancurkan oleh orang-orang yang mereka percayai.
