Jatuh antara filem prequel kedua dan ketiga, Star Wars: Perang Clone memperincikan konflik yang akan menggegarkan galaksi ke asasnya. Pada akhirnya, seperti yang diketahui oleh peminat, plot oleh Darth Sidious untuk melemahkan Jedi dan Republik dan menguasai segala sesuatu berjaya. Namun, semasa perang, satu orang semakin hampir menggagalkan rancangannya daripada orang lain, walaupun ketika itu dia tidak menyedarinya.
Padmé Amidala diperkenalkan kepada peminat di Star Wars: The Phantom Menace sebagai Ratu Naboo yang terpilih. Setelah menamatkan zamannya sebagai ratu, dia terus melayani planetnya sebagai wakil di Galactic Senate on Coruscant. Dia terus memainkan peranan penting dalam memasang Sheev Palpatine, yang merupakan Senator untuk Naboo ketika dia duduk di takhta, sebagai Canselor yang baru. Malangnya untuk galaksi, dia menjalani kehidupan berganda dengan kedok Darth Sidious.
Mengingat bahawa peranan yang dimainkannya dalam rancangan Palpatine tidak disukai, Padmé juga menjadi komponen penting dalam usaha mengakhiri perang dengan para Separatis. Dia sangat yakin bahawa pertarungan itu adalah senario tanpa kemenangan bagi kedua-dua belah pihak, dan cara diplomatik adalah satu-satunya cara untuk menghentikan konflik. Padme betul kerana perang diatur oleh Palpatine, yang secara diam-diam menjalankan kedua-dua belah pertempuran.
Sepanjang perang, Padme akan mencari cara baru untuk memerangi perang di Senat. Dia membuat rang undang-undang yang akan membatasi perbelanjaan untuk Angkatan Darat Republik mereka kerana hutang yang semakin teruk di kedua-dua pihak konflik melemahkan kedudukan masing-masing. Padmé juga menentang perintah Senat dan berhubungan dengan rakan dari Separatists, Mina Bonteri, yang juga menginginkan perdamaian. Sekiranya ini diselesaikan, itu akan menggagalkan keseluruhan rancangan Palpatine.
Kenyataannya adalah bahawa pelbagai inisiatif perdamaian Padme hampir berjaya. Palpatine dan muslihatnya harus melakukan langkah-langkah ekstrim untuk menghentikannya dari mengganggu operasi mereka, termasuk ketika Count Dooku merancang dan melaksanakan pembunuhan Bonteri, kemudian memulai serangan terhadap Coruscant untuk melemahkan proses perdamaian.
Ironinya, semua yang dilakukan Padme untuk mencuba dan menghentikan perang jauh lebih berkesan daripada apa yang dicuba oleh Jedi. Pengawal perdamaian yang sepatutnya membiarkan diri mereka terjerumus ke dalam konflik mahal yang dicerca terhadap mereka sejak awal, dan semua usaha mereka dimainkan langsung ke tangan Sith Lord. Itu adalah rancangan yang seharusnya mereka anggap melalui Angkatan, tetapi mereka dibutakan oleh kesombongan mereka sendiri.
Seandainya Jedi dapat melewati kehebatan mereka, mereka mungkin telah menyedari rancangan yang bergerak di sekitar mereka lebih cepat. Komitmen sejati Padme untuk resolusi damai adalah duri terbesar di pihak Palpatine sepanjang Perang Clone, jadi jika Jedi mengikutinya dan bukannya bertempur dengan tentera yang dirancang untuk membunuh mereka, Ordo tidak akan jatuh dengan mudah.
