Pada hari-hari terakhir Republik, Star Wars alam semesta dilancarkan secara besar-besaran ke sisi cahaya Angkatan. Dalam satu perintah cepat, Maharaja Palpatine mengaktifkan Perintah 66. Protokol ditanamkan melalui serpihan ke dalam setiap askar dalam tentera klon dan, setelah diaktifkan, memaksa para prajurit untuk melaksanakan semua Jedi di sekitarnya. The Great Jedi Purge meletakkan sejumlah besar Jedi dan, dengan kematian mereka, menamatkan misi dan misteri yang masih tersisa untuk diselesaikan.
Dari semua Jedi yang jatuh pada hari yang ditakdirkan itu, tidak ada yang tampak kejam seperti kematian Aayla Secura di planet Felucia yang semarak. Star Wars Episode III: Revenge of the Sith menunjukkan Twi'lek muda ditembak oleh batalion klonnya. Malangnya, ketika dia jatuh, dia terganggu oleh burung dan tidak dapat bertindak balas. Namun, tembakan itu berlarutan selama beberapa saat dan menunjukkan klon terus menembak ke badannya yang lengai. Banyak persoalan timbul dari kematiannya yang mengerikan ketika peminat cuba mencari tahu mengapa klon itu kelihatan sangat dingin kepadanya.
Sama seperti tuannya, Quinlan Vos, Secura memilih untuk menempuh jalannya sendiri sambil mengindahkan Jedi Order. Ini ditunjukkan dalam pakaian pilihannya dan cara dia memakai celana lampu dengan pegangan terbalik. Secura sangat menjaga tuannya, yang sangat kuat dalam Angkatan. Banyak ahli teori percaya bahawa dia juga sangat kuat dalam Angkatan. Sekiranya ini terjadi, alasan klon menembaknya mungkin adalah untuk memastikan bahawa dia tidak akan bangun untuk membuat kerosakan besar dengan kemampuannya.
Sebilangan besar petualangan Secura tidak menunjukkan kepadanya menggunakan kekuatan besar dalam Angkatan semasa Perang Clone. Walaupun begitu, sangat mustahil kemampuannya belum terwujud sepenuhnya. Sebagai alternatif, kekuatannya dapat disalurkan melalui kemampuan bertarungnya yang menggunakan tempur lightsaber Form IV dan Form V, dan termasuk banyak aksi akrobatik dan serangan yang pantas.
Teori lain yang dikemukakan sangat terkait dengan hubungan Secura dengan batalion klonnya. Kerana bertahun-tahun yang dihabiskan Jedi dengan pasukan klon mereka, banyak ikatan terbentuk antara kedua-dua kumpulan itu. Beberapa contoh terbaik termasuk Kapten Rex dan Ahsoka Tano atau Komandan Cody dan Obi-Wan Kenobi. Dengan logik itu, klon mungkin terus menerus menembak Secura kerana mereka mengingati sejarah yang mereka bagikan dengannya dan ingin memastikan kematiannya cepat dan tidak menyakitkan. Sekiranya benar, itu akan menjadikan tindakan terakhir mereka sebagai pasukan klon salah satu yang paling penyayang dari Pembersihan.
Aayla Secura adalah salah satu Jedi yang paling penyayang dalam perintah itu. Oleh kerana itu, akhir ganasnya dianggap salah satu yang paling kejam dari Great Jedi Purge. Kematian Secura juga menunjukkan kehancuran dan pembedahan yang telah dicapai oleh Kaisar. Perlu banyak membunuh Jedi, dan bahkan Anakin Skywalker di The Phantom Menace tidak percaya mungkin untuk mengalahkan mereka semua. Namun, Maharaja membuktikan dia salah dengan menghapuskan hampir semua dari mereka dalam satu serangan.
Kematian hampir setiap Jedi berlaku dengan pantas dan ganas. Semasa acara tersebut, beberapa perasaan terakhir yang dirasakan oleh pengguna Angkatan yang masih hidup adalah pengkhianatan dan kesakitan. Bahkan kematian Secura menjangkau Yoda, yang berada di planet yang sama sekali berbeza pada masa itu. Sebab tepat mengapa klon ditembak berkali-kali di Secura tetap menjadi misteri. Walaupun begitu, misteri itu telah membolehkan peminat bersatu, sekali lagi, untuk membuat spekulasi mengenai banyak misteri lain di alam semesta Star Wars.
