Masamune Shirow Hantu dalam cengkerang terkenal kerana menangani transhumanisme dan falsafah mengenai kesedaran. Transhumanisme adalah idea bahawa manusia dapat berkembang melewati apa yang dapat ditawarkan oleh tubuh dan fikiran mereka sendiri dengan bantuan sains dan teknologi. Melalui mata protagonis siri Makoto Kusanagi, sebilangan besar, penonton dapat melihat bagaimana idea-idea ini dapat mempengaruhi masyarakat. Permainan video berdasarkan konsep akan sangat sesuai untuk francais, selagi cerita yang kukuh dapat menyokongnya.
KE Hantu dalam cengkerang pengalaman orang ketiga akan membolehkan pemain mengawal Mejar ketika dia menilai kenaikan tinggi cyberpunk Jepun, menyelesaikan kes untuk Keselamatan Awam Seksyen 9. Setelah tutorial ringkas, plot akan bermula berputar di sekitar teknologi realiti maya baru yang seolah-olah mencuri kesedaran para pemainnya, meninggalkan badan mereka secara catatonik. Oleh kerana Mejar sudah benar-benar cybernetic dan 'hantu' atau jiwanya tidak asing dengan bentuk bergerak, dia adalah calon utama untuk menceburkan diri dalam teknologi ini dan mengungkap misteri.
Melalui peralihan dari dunia fizikal ke dunia digital, garis kiasan antara siapa 'pemain' permainan akan kabur. Pada hakikatnya, pemain mengawal Makoto tidak kira apa, tetapi lubang arnab naratif semakin mendalam pemain mengawal Makoto , mengawal dirinya. Soalan-soalan yang lebih dalam tidak akan mulai timbul hingga titik pertengahan permainan ketika dunia maya yang dilalui pemain dalam bertindak sebagai lingkungan yang dinamis, mengubah cuaca dan musuh yang diinginkannya.
Ketika permainan berlangsung, pemain akan menemui orang yang kesadarannya dicuri, dan mereka menjelaskan bagaimana tidak ada banyak perbezaan antara dunia maya dan mereka sendiri. Pemain boleh menyoal dan bahkan menolong orang-orang ini untuk mengungkap lebih banyak kisah mereka dan pengetahuan sekitarnya. Pilihan dialog berfungsi sebagai gagasan kepada idea yang lebih besar bahawa tidak kira apa yang dihuni orang, hantu mereka adalah apa yang melihat realiti mereka. Jejak bahaya yang diikuti Makoto akan membawanya ke antagonis utama permainan dan wahyu yang tidak akan dilihat pemain.
Akhirnya, menghadapi kurator dunia VR berbahaya ini akan menjadi pencipta permainan sebagai pertarungan bos yang lebih kurang mengenai pertandingan fizikal dan lebih kepada pertarungan idea. Ketika teknologi terus berkembang, penciptanya percaya bahawa semua jiwa berhak mendapat kesempatan dalam kehidupan yang lebih baik di dalam mesin, sementara Makoto percaya bahawa jiwa yang sama layak mendapat pilihan itu. Pada akhirnya, Makoto akan mengalahkan pencipta dan membebaskan orang yang ditangkap dari permainan. Sebilangan pemain yang dibebaskan akan senang kembali pada hakikatnya, sementara yang lain tidak mahu apa-apa selain kembali ke dunia itu.
Kisah aksi yang memeningkan minda akan diakhiri dengan idea bahawa manusia sering mencari jalan keluar dari kenyataan mereka, tetapi akhirnya menjadi pilihan mereka berapa lama mereka mahu 'jiwa' mereka kekal di dunia sempurna mereka. Idea ini akan berfungsi sebagai meta-komentar untuk peningkatan teknologi kerana ia menjadi lebih banyak kaedah untuk melarikan diri. Hantu dalam cengkerang adalah francais untuk bercakap mengenai budaya permainan video dan teknologi yang berkembang dan bagaimana perlahan-lahan mengubah landskap bagaimana orang hidup dan berinteraksi. Permainan dengan idea asas kehendak bebas dan eskapisme akan ditawarkan naratif yang boleh difikirkan mengenai topik yang akan membuatkan pemain bercakap selama bertahun-tahun akan datang.
